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伏格特-小柳-原田综合征的病因尚不完全清楚，主要与自身免疫反应及感染因素有关。虹膜睫状体的病理改变在本质上与脉络膜改变相同，系由上皮样细胞、淋巴细胞和浆细胞等构成的病灶，有时可见有淋巴细胞的有丝分裂征象，但在虹膜内上皮样细胞形成不及脉络膜内明显。
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