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如果妈妈在怀孕期间感染病毒，接触过射线或吃过一些有损胎儿发育的药物，就可能会增加卵圆孔不闭合的机会。卵圆孔未闭与不明原因脑栓塞、潜水减压病、偏头痛等疾病的关系密切，因此一些学者认为，对于具有不明原因脑栓塞病史者、潜水员、航天员及顽固性偏头痛者合并卵圆孔未闭时应该进行修补治疗。
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