病因不明，现认为其发病与免疫因素有关。即有感染和自本免疫两种学说。
感染学说：包括细菌感染说和病毒感染说。穿孔性外伤后，细菌感染经血行或视交叉脑脊液而从一眼转至另一眼，但未能找到确切的病原体。病毒在激惹免疫反应方面可能起佐剂作用。
免疫学说：眼球穿通伤提供眼内抗原到达局部淋巴结的机会，使眼内组织抗原能接触淋巴系统而引起自体免疫反应。
交感性眼炎在外伤后的潜伏时间，短者几小时，长者可达40年以上，90%发生在1年以内，最危险的时间最受伤后4～8周。特别是伤及睫状体或伤口内有葡萄膜嵌顿，或眼内有异物更容易发生。
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