既往少有人关注黑素转运到角质形成细胞后的情况，以至于现有的知识无法解释黑素的降解过程。黑素的降解是一个复杂而精细的过程，细胞自噬是可能的降解方式，并受到酪氨酸酶、紫外线、体内激素等多种因素的影响。
一、黑素的生物降解
1.黑素合成后被运输至MC的树突末端，在多种分子机制的调控下，由树突向邻近的角质形成细胞（KC）转运，最后在KC内被降解，并随着KC的脱落而排出。
2.近年的研究证实，孤立的黑素小体能表达溶酶体酶类，如组织蛋白酶D、B和γ-谷氨酸-γ-羧基肽酶。研究发现溶酶体水解酶能很快降解黑素小体的脂质成分，但黑素的超微结构很难被破坏，提示单一的水解机制并没有降解黑素的能力。
3.体外实验证实，黑素可以被一些氧化剂，如过氧化氢、高锰酸钾等氧化分解，同时伴随着自发性荧光的发生和吸光度的降低。研究发现质子泵抑制剂埃索美拉唑通过线粒体和NADPH氧化酶的参与诱发活性氧导致黑素瘤细胞凋亡。
二、自噬和异噬在黑素降解中的作用
研究提示黑素很可能通过细胞自噬途径进行降解。细胞自噬参与了表皮角质形成细胞内黑素小体的降解。黑素小体也可能是在吞噬细胞-巨噬细胞、表皮血管内皮细胞、肥大细胞的异体吞噬体中被降解。
三、影响黑素降解的因素
1.人类种族：已知种族因素影响黑素小体在表皮角质形成细胞内的分布，不同种族来源的角质形成细胞内黑素的降解不同，随着时间的推移，黑素降解呈现出一定的时间依赖性。
2.紫外线（UV）：研究证实UV可以通过影响黑素的生物合成、转运过程及促进黑素的重新分布来达到保护细胞核，避免DNA发生损伤的作用。但是UV能否同时通过抑制黑素的降解来增加黑素在角质形成细胞内的含量，尚待进一步研究。
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