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高质量的生物样本库是肿瘤基因组转化研究的关键

2018-01-10 来源:转化医学网  标签: 掌上医生 喝茶减肥 一天瘦一斤 安全减肥 cps联盟 美容护肤
摘要:微量样品检测技术的发展,采用RNA水平、单细胞、石蜡包埋组织样本的测序技术需要进一步发展和应用

   随着后基因组时代的来临,新的研究手段和分析方法密切了基础医学与药物研发、临床医学之间的联系。人们可以更准确地理解环境和人类遗传分子之间的相互作用,以期精确描绘疾病发生的本质,从而改进目前对于疾病的诊断和治疗,由此也诞生了转化医学这一概念。而生物样本库通过大规模、高效地搜集和利用生物样本、生物信息和数据,将成为实施转化医学的重要保证。为了更好地了解我国生物样本库的发展现状及面临的问题,转化医学网特别采访了北京大学肿瘤医院/研究所吕有勇教授。

 
  转化医学网:生物样本库在肿瘤的个体化诊疗中起到怎样的作用?
 
  吕有勇:现代肿瘤研究以规范化诊治的多中心临床队列建立为基础,以获得高质量肿瘤样本和系统临床随访资料为核心。这二项已成为国际生物医药领域竞争的决定性因素。因此,生物样本的构建、运行管理和科学利用在世界范围内受到高度关注;特别是全球肿瘤基因组研究计划的实施及后续工作的开展进一步证明这一观点的重要性。
 
  以肿瘤为例,在临床实践中,大量分期和分型相同的癌症患者,治疗效果和预后显著不同。因此,建立和发展科学合理的个体化治疗策略、方案和技术是提高肿瘤防治水平的关键问题。为了避免“个体化”与临床治疗“标准化”的冲突,“精准”治疗(precisionmedicine)的概念已被提出。“精准”意味着通过基因组技术的辅助获得更精确的分子水平的变异,更清晰的致病机理和更有依据的治疗方案。实现这一目标的基础是建立“分子解剖图谱”即基于组学的疾病分子变异谱,而能够真实反映疾病变化规律的生物样本的采集和科学利用则是其中最重要的环节。
 
  转化医学网:生物样本库之于大数据时代的意义是什么?
 
  吕有勇:以肿瘤基因组为代表,研究工作产生的大数据和海量的信息如何利用并使其成为疾病防治的知识将是我们面临的问题和挑战。大数据具有四个基本特征:数据量大(Volume),类型繁多(Variety),价值密度低(Value),速度快、时效高(Volocity)。大数据的核心价值是预测:分析大量的数据从而能够处理与特别现象相关的所有数据。例如肿瘤这样的复杂性疾病的健康管理问题,生物样本的采集不再依赖随机采样;数据如此之多,可能不再热衷于追求精确度而是以明确相关关系和混杂性为主要目的,组学和云计算将是主要手段。因此生物样本库的构建需要适应大数据时代的要求,而不是传统意义上的样本保存。同时,数据的提炼和共享十分重要,而且数据越用将变的越有价值;有些样本存放的越久越有价值。
 
  转化医学网:目前生物样本库建设及临床应用相关的伦理问题有哪些?
 
  吕有勇:目前,基因组学与健康相关数据共享中所带来的伦理问题是全世界业内工作者所关注的重点。为此,全球基因组与健康联盟(GlobalAllianceforGenomicsandHealth,GA4GH)已构建了一个指导框架《基因组学与健康相关数据责任共享框架》,并已翻译成包括中文在内的5个国家的语言。我国在数据共享方面,应该参照指导框架进行后续的工作并提出我们的意见和建议来完善此框架。在伦理方面,数据共享还面临信息安全、个人隐私、知情同意、数据保护等各方面的挑战,我们应积极参与到前期工作讨论当中。为此,在伦理问题方面有以下建议:a)成立专业化的伦理委员会,制定相关制度规范,每年保证召开两次会议,会议内容包括讨论审查项目、总结下本年度的项目进展情况。b)确立数据隐私的原则,建立保护数据安全及个人隐私的流程规范;c)确立知情同意的原则而不是用免责书代替知情同意书;d)制定并监督建立生物样本的获取和保存的流程规范;e)讨论在肿瘤数据分析过程的偶然发现及的处理方案;f)制定数据质量标准并检查执行状况。
 
  转化医学网:您认为目前生物样本库的发展瓶颈是什么?对此您的建议是?
 
  吕有勇:生物样本库构建面临的问题仍是样本的质量和成本问题,生物样本采集、鉴定和临床资料的获取成本将大于测序的成本已成为这一领域研究工作和临床推广的瓶颈。因此肿瘤生物样本质量、关键技术优化和数据整合分析与共享是生物样本库健康发展的关键问题。以下几点需要关注:
 
  1)由于肿瘤生物学特性的复杂性和治疗方法和过程的多样化,高质量样本获取的成本较大,特别是治疗过程监测和临床数据的可靠性普遍受到质疑,极大地影响对基因组数据的解析和临床意义与价值的评估;这也是生物医药监管科学发展的契机。
 
  2)研究方案和技术需要进一步优化与创新,针对肿瘤发生发展不同发展阶段动态获取生物样本,包括某些肿瘤的癌前病变和不同进展阶段肿瘤及治疗前后的血液生物样本(全血)。特别是对早期癌病例生物样本的获取最为重要。
 
  3)石蜡包埋组织样本,特别是早期癌症的石蜡样本较新鲜样本资源丰富,并且可通过显微切割的方法提高肿瘤细胞的含量、精确定位,因此利用石蜡样本的测序(包括DNA、RNA和表观遗传学、单细胞测序)能够更好的发掘早期癌症的基因突变特征。
 
  4)微量样品检测技术的发展,采用RNA水平、单细胞、石蜡包埋组织样本的测序技术需要进一步发展和应用。
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