1、遗传因素：遗传学研究证明，本病为多基因遗传性疾病，20-30%的患者具有阳性的遗传因素。经常可见在患者的亲属中有类似的畸形发生。
2、环境因素：如怀孕期间维生素的缺乏，母亲在怀孕期间感染病毒，接触X射线、激素或抗肿瘤药物、抗组胺药、烟酒刺激等，都可能造成遗传基因的突变等一系列畸变。
3、营养因素：妇女怀孕期间的呕吐和偏食可影响营养摄入，造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
4、病毒感染：在妊娠早期，如遇风疹病毒感染，可能成为婴儿唇腭裂的原因。
5、药物因素：有些药物能通过胎盘屏障影响胚胎发育，如安眠药、抗过敏药、苯妥英那、肾上腺皮质激素、环磷酸胺均可导致胎儿畸形。
6、内分泌影响：在怀孕早期，如孕妇因精神紧张及外伤等原因，可使体内的肾上腺皮质激素分泌增加，从而导致婴儿先天畸形。
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