自上世纪70年代发现AFP在原发性肝癌患者中升高以来，AFP一直被作为原发性肝癌的血清学诊断指标，但该指标在早期肝癌筛查和诊断中存在一定缺陷。比如：
1、非恶性疾病如急、慢性肝炎，重症肝炎恢复期，肝硬化患者的血清甲胎蛋白可出现升高，如升高的幅度比较小，且持续的时间比较短。
2、慢性肝炎活动期甲胎蛋白有轻度、中度升高，一般在50~300μg/L，与肝细胞癌不同点为升高幅度低，一般不持续增高，经治疗后降低以至恢复正常。
3、30%新生儿肝炎可测出甲胎蛋白，发生率随病情的严重度而增加，大多明显增高。此可与先天性胆管闭锁鉴别，后者甲胎蛋白大多正常。
因此，近年来欧洲肝脏研究学会和美国肝病研究学会在其更新的诊疗指南中不再将AFP作为肝癌的筛查与诊断标准。
AFP对乙肝相关肝癌仍有一定预测价值
欧美国家的肝癌病因以HCV感染、酒精性和代谢性因素为主，而我国的HCC多与慢性HBV感染有关。HBx基因转录激活肝细胞AFP基因表达的前期研究结果提示，AFP的肝癌诊断价值可能会受致病因素的影响。
据此，按致病因素的不同将肝癌患者分为HBV、HCV感染相关肝癌和其他非感染因素的肝癌，系统评价了在HBV感染背景下AFP对HCC诊断及预后预测的价值。
结果发现，AFP在HBV感染相关肝癌中仍然具有较好的诊断价值，其ROC曲线下面积为0.866，灵敏度为74.94%，特异度为86.29%。
此外还发现，在HBV感染相关肝癌患者，其术前AFP越高，术后生存率越低，呈现出术后1、3、5年的生存率随术前AFP值升高而逐渐降低的趋势。
这一现象未能在其他病因的肝癌中观察到，提示在用AFP作为肝癌的预后指标时应将HBV相关肝癌与非HBV感染肝癌区别对待。
血清AFP何种情况下怀疑肝癌？
1、谷丙转氨酶和谷草转氨酶下降或稳定，甲胎蛋白并未跟着下降或者继续，则必须要考虑并发肝癌的可能性。
2、血清AFP≥400μg/L持续1个月或≥200μg/L持续2个月，并能排除其他原因引起的AFP升高，包括妊娠、生殖系胚胎源性肿瘤、活动性肝病及继发性肝癌等。
因此，甲胎蛋白(AFP)在肝癌的诊断中占有重要的地位。但不能仅凭甲胎蛋白(AFP)的升高就诊断肝癌。确定是否患有肝癌，还必须配合做其他一些必要检查，比如B超、CT、血清DCP等。
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