“出芽”
UChicago科学家模拟HIVGag蛋白参与了强迫受害者的细胞使用胶囊HIV感染其他细胞,这一过程称为“出芽”。
计算机建模帮助了一个来自芝加哥大学的科学家团队,破译了先前未知的关于艾滋病病毒迫使细胞将病毒传播到其他细胞的过程的细节。11月7日出版的《美国国家科学院院刊》(inProceedingsofTheNationalAcademyofSciences)上发表的这一研究结果可能为对抗病毒提供了一条新的途径。
艾滋病毒成功的一个关键部分是一个肮脏的小技巧,在体内繁殖。一旦艾滋病毒感染了细胞,它就会迫使细胞从自己的膜中制造出一个小胶囊,里面充满了病毒。“胶囊”——一个被称为“出芽”的过程——漂浮到血液中去感染更多的细胞。一旦进入另一个不知情的细胞内,胶囊结构就会破裂,而艾滋病毒RNA就可以工作了。
科学家们知道,发芽的过程中含有一种叫做Gag蛋白的HIV蛋白复合物,但分子过程的细节却很模糊。“一段时间以来,我们已经了解到最终的组装结构是什么样子的,但在这两者之间的所有细节基本上都是未知的,”格雷戈里·沃斯(GregoryVoth)说,他是Haigp.Papazian杰出的化学教授,也是该论文的通讯作者。
由于很难用成像技术获得蛋白质复合体的一个良好的分子水平快照,Voth和他的团队建立了一个计算机模型来模拟Gag蛋白的行动。通过模拟,他们可以对模型进行调整,直到他们找到最可能的分子过程的结构,然后由美国国立卫生研究院的Jenniferlippincott-schwartz研究所和霍华德·休斯医学研究所Janelia研究校区进行实验验证。
他们建立了一个缺失部分的Gag蛋白复合体的模型,并对其进行了调整,直到他们能够看到蛋白质如何通过利用细胞基础设施来为萌芽的过程做准备。
Voth说:“这真的证明了现代计算机模拟病毒的力量。”
“一旦你有了一个致命的弱点,你就可以制造一种药物来阻止Gag蛋白的积累,并希望能阻止病毒的发展。”
他说,研究小组计划下一步研究HIV病毒胶囊中的Gag蛋白的结构。
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