乙型肝炎病毒感染人体后疾病的进展，主要由人体的免疫功能状态和病毒本身的生物特性决定，其他因素如劳累、饮酒和药物等会加重病情，使病情复杂化。
乙肝“大(小)三阳”和HBVDNA又是什么关系呢?乙肝“大(小)三阳”中的抗原或抗体都是蛋白质成分。抗原是病毒本身的组成成分，抗体则是患者本身产生的能中和病毒抗原的蛋白质。
病毒在体内持续复制，激发机体对病毒的免疫反应，导致肝脏受损。如果免疫反应强而有效，有利于病毒清除；如果免疫反应较弱，不能清除病毒，引起炎症反应，则会导致肝组织反复损伤，纤维组织增生，最终导致肝脏的形态发生改变，形成肝硬化，少许患者甚至发展成肝癌。
因此，病毒持续复制是慢性乙肝疾病进展的根本原因。如果在恰当时机进行抗病毒治疗，通过长期抑制病毒复制，可以减少免疫反应对肝脏的损伤，阻止或延缓疾病的进展。既往研究证据已表明，通过抗病毒治疗，可以延缓甚至逆转肝硬化，减少肝癌，但还不能完全阻止肝癌的发生。
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