您好！很荣幸回答您的问题，吃止痛化癥胶囊是可以对付巧克力囊肿的。止痛化癥胶囊本品益气活血，散结止痛。用于气虚血瘀所致的月经不调、痛经、癥瘕，症见行经后错、经量少、有血块、经行小腹疼痛、腹有癥块；慢性盆腔炎见上述证候者。希望能帮到你祝身体健康！