新生儿巨细胞病毒感染常为多系统多脏器受累，并发症较多，如神经系统损害至小头畸形、脑积水、脑组织钙化、惊厥和脉络膜视网膜炎等；常发生间质性肺炎、血小板减少性紫癜。后遗症常见生长迟缓、智力障碍、运动障碍、癫痫、视力减退（视神经萎缩）、听力障碍（神经性耳聋）等。