血管角化瘤因缺乏α-半乳糖甙酶而发病。此病为伴性隐性遗传，确切的发病机制还缺乏证据，但可以确定，肢端型与冻疮或其他原因引起的血管损伤有关。阴囊型与外伤或手术后局部血管内压力增高有关，丘疹型多发下肢，与局部静脉壁弹性组织的先天缺陷有关。界限型有时伴有其他类型的血管畸形，因与先天因素有关。而泛发型则有所不同，目前认为是先天性某些酶的缺陷导致代谢障碍，血管壁发生异常。可见于先基鞘氨醇已糖苷酶缺乏症、墨角藻糖苷酶缺乏病、半乳糖唾液酸沉积症、Kanzaki病、β甘露糖苷过多症、天冬氨酰葡糖胺尿症的患者。