小儿功能性消化不良需要和下列疾病相鉴别：1、胃食管反流。胃食管反流与功能性消化不良中的反流亚型不易鉴别，胃食管反流临床表现较重，进食后呕吐、呕血和便血、咽下疼痛。内镜证实有不同程度的食管炎症改变，24小时食管pH监测有酸反应。2、上消化道溃疡。消化道溃疡包括：胃、十二指肠溃疡，幽门管溃疡，幽门前区溃疡，糜烂性胃窦炎等。进行内窥镜检查可见黏膜广泛充血、水肿、糜烂及出血。3、胃轻瘫。临床症状与功能性消化不良相似，胃轻瘫继发全身性的、消化道疾病或手术后诱发胃排空功能的障碍。造成胃轻瘫较常见的原因有糖尿病、尿毒症、结缔组织病。通过放射性核素胃排空功能测定确定诊断。