儿童慢性的咳嗽常存在一些潜在的疾病，较为常见的有先天性或继发性免疫功能缺陷、纤毛运动障碍、气道畸形、哮喘、支气管扩张、慢性鼻窦炎、增殖体炎、鼻后滴漏或重症肺炎（重症毛细支气管炎、腺病毒肺炎、麻疹肺炎和肺炎支原体感染）以后。病原以病毒和细菌居多。也可由于长期吸入有毒烟尘，使呼吸道防御功能减弱而发生。