幼年性黄色肉芽肿一般无需治疗，病程有自限性，大部分3～6岁消退。对于不消退者可选择电凝、激光、冷冻或手术治疗。眼眶病变采用糖皮质激素全身治疗。系统性幼年性黄色肉芽肿采用综合治疗，包括糖皮质激素、长春新碱和甲氨蝶呤等。此病对治疗反应好，但应注意药物副作用。