急性嗜酸性粒细胞性肺炎的诊断首先须排除其他原因引起的肺嗜酸性粒细胞浸润症。该病需要和急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征相鉴别。血液、痰、粪便、BALF以及经支气管肺活检标本须进行培养、Grans和真菌染色和血清学试验，以排除细菌、支原体、真菌和寄生虫感染。