甲状腺结核有手术治疗和非手术治疗两种选择。手术治疗主要用于干酪型和增生型甲状腺结核。非手术治疗中，全身治疗尤其适宜同时患有肺结核或其他部位结核的患者。适当给予高蛋白、高热量、高维生素的饮食及药物，以改善患者全身状况。甲状腺结核一经确诊即可先给予抗结核药物治疗。