甲状腺结核的病原菌多为人型结核菌。甲状腺结核可分为原发性与继发性两类继发性居多。甲状腺结核组织的血运丰富，淋巴稠密，组织含氧量高，一般不利于结核杆菌的生长繁殖。但也有人认为甲状腺组织对结核杆菌有高度免疫性，甲状腺胶质对结核杆菌有拮抗作用。只有当入侵的结核杆菌数量较多、毒力较大，并有机体免疫功能降低和局部抵抗力削弱时才会发病。