金黄色葡萄球菌肺炎须与下列疾病相鉴别：肺炎链球菌、流感嗜血杆菌或肺炎杆菌肺炎，原发性肺结核伴空洞形成或干酪性肺炎，气管异物继发肺脓肿及横膈疝等。X线上表现的特点，如肺脓肿、大泡性肺气肿及脓胸或脓气胸等存在都可做为金葡肺炎诊断的根据；但须与其它细菌性肺炎所引起的脓胸及脓气胸鉴别。因而病原学诊断十分重要。