积极治疗后，结核性肠系膜淋巴结炎预后良好，淋巴结干酪样变可逐渐被吸收、硬结钙化而自愈。慢性中毒症状可存在很长时间才消失。淋巴结干酪坏死液化，破溃到腹腔或腹壁外形成瘘管长期不愈，这种病例称肠系膜结核，现已极少见。合并腹膜炎及肠结核时，预后与两病有直接关系。