小阴茎治疗方法有一定改进。但是，雄激素的替代仍然是主要的治疗方法。由于给患者体内提供了足够的睾酮，将刺激阴茎的发育，并不影响骨髂的生长和闭合。Aller建议的治疗方法为每3周口服睾酮25mg，总量不超过100mg。应通过治疗前、后的阴茎长度测量(耻骨至龟头)评价治疗效果。应从一岁开始治疗。目的是使患儿生殖器官发育与身体增长保持一致。如患儿阴茎生长比较同龄儿童差，应重复上述治疗。对伴有睾丸下降不全的患儿，应在2岁前行睾丸下降固定术。亦可应用LHRH，促进阴茎的发育和睾丸下降。