不良反应有常见有头痛、眩晕、关节痛，唾液腺和淋巴结肿大以及胃肠道反应；也有皮疹、药热等过敏反应，有的皮疹可发展为剥落性皮炎。个别病人可致黄疸和中毒性肝炎。最严重的不良反应为粒细胞缺乏症，故用丙硫氧嘧啶片期间应定期检查血象，白细胞低于4X109L或中性粒细胞低于1.5X109L时，应按医嘱停用或调整用药。严重肝功能损害、白细胞严重缺乏，对硫脲类药物过敏者禁用丙硫氧嘧啶片。