子宫内膜异位患者常伴有不孕。根据天津、上海两地报道，原发性不孕占41.5～43.3%，继发性不孕占46.6～47.3%。不孕与内膜异位症的因果关系尚有争论，盆腔内膜异位症常可引起输卵管周围粘连影响卵母细胞捡拾或导致管腔堵塞。或因卵巢病变影响排卵的正常进行而造成不孕。但亦有人认为长期不孕，月经无闭止时期，可造成子宫内膜异位的机会;而一旦怀孕，则异位内膜受到抑制而萎缩。